Стремясь сделать академическую музыку более доступной для американской публики, Стоковский создал ряд собственных редакций и оркестровок некоторых известных произведений (в частности, Токкаты и фуги d-moll Баха), зачастую в корне меняя авторскую динамику, добавляя дополнительные ударные инструменты и даже вырезая «неинтересные» такты, за что на протяжении всей карьеры подвергался беспощадным нападкам критиков.