Чем залить транс?

Правильно рассчитанный (и не перегруженный) транс гудеть не должен.
Точнее, слабый уровень вибрации все же присутстствует (магнитострикционный эффект не запретишь). Но он слаб и эффективно подавляется простейшей виброразвязкой (это в отношении передачи вибрации на шасси). Акустический же шум практически зависит от стяжки пластин (в случае наборного сердечника), стяжки частей магнитопровода (в случае разрезного ленточного), в меньшей степени - от аккуратности намотки обмоток, и еще малость - от материала межобмоточной изоляции.
То есть бороться нужно с причиной.
А основная цель пропитки - обеспечить необходимый уровень электроизоляции, особенно в условиях повышенной влажности. Шум там ни причем.